El Departamento fue creado el 14 de mayo de 1858 por el entonces gobernador de la provincia Juan Cornelio Moyano, quien promulgó el decreto estableciendo que la Cruz de Piedra adoptaría en lo sucesivo el nombre de Maipú.

El departamento tendría por cabecera el punto donde se ha levantado el nuevo templo, bajo la denominación de Villa de Maipú. Posteriormente, el 18 de abril de 1884, se anexó el distrito de Barrancas, hasta entonces perteneciente a San Martín.

Pero pocos años después, precisamente el 31 de marzo de 1861, se consolidó la idea de la fundación de la Villa cabecera. La iniciativa se convirtió oficialmente en realidad, a merced de la generosidad de José Alberto de Ozamis, quien donó terrenos de su propiedad a esos efectos y a la acción desplegada por Fray Manuel Apolinario Vázquez.

La necesidad de fundar la Villa cabecera nació en solidaridad con los afectados por el terremoto del 20 de marzo de 1861 y fue erigida en Ciudad, mediante la ley del 11 de agosto de 1942.

Aquellos primeros hombres levantaron en pocos días la Plaza Principal, el templo y dos escuelas en tiempo récord, renaciendo luego de un duro golpe de la naturaleza con toda la provincia y los maipucinos.

Vale apuntar que cada 24 de septiembre se conmemora en el departamento el Día de la Patrona de la Ciudad, la Virgen de la Merced.